核心算法

    给定一个蛋白质序列，RAPTOR扫描整个模板库，将目标序列与这些模板一一匹配，通过计算打分函数值判断匹配程度并进行排序，其中打分最高的被认为是目标序列最可能采取的折叠结构。

    RAPTOR提供了3个threading算法：

• Non-Pairwise Core(在PROSPECT中使用)
• No Core
• Integer Programming(BSI专利)

    RAPTOR使用的打分函数：

• Sequence homology
• Secondary structure types
• Solvent accessibility
• Pairwise interaction

    RAPTOR进行权值训练和折叠识别质量评估的方法：

• 使用SVM技术对折叠识别的指定配对进行排序,反映了序列-结构联配的准确程度。
• 使用了类似BLAST的E值来评估序列-模板的联配，从整体上对预测质量进行了评估。